Bilinçsizce yapılırsa ya da gerekli özen gösterilmeden yapılırsa tabi ki zararları olmaktadır. Şimdi bu zararları sayalım.

1. Ketojenik diyet patlayıcı güce dayalı spor dallarında tercih edilmemektedir. Çünkü powerlifting, halter ve kısa mesafe koşusu gibi spor dallarındaki sporcuların daha hızlı enerjiye dönüşebilen glikojen depolarını kullanma ihtiyaçları vardır.
2. Yetersiz lif alımı yüzünden kabızlığa neden olabilmektedir.
3. Ketojenik diyetin diüretik etkisi bulunmaktadır. Bu yüzden diyet düzgün yapılmazsa su ve elektrolit dengelerinde bozulmalara neden olabilmektedir.
4. İdrardaki keton cisimciği miktarı 1-5 mmol aralığında olmalıdır. Fazlası oldukça tehlikelidir.
5. Vücut asidoz durumunda olacağı için böbrek taşı oluşma riski vardır.
6. Kalsiyum atımı hızlandığı için kemik erimesine sebep olabilmektedir.
7. İyi kolestrol HDL ve kötü kolestrol LDL  dengesi bozulursa kalp ve damar hastalıklarına davetiye çıkarmaktadır.